Wcielająca się w Wyrocznię w dwóch poprzednich częściach serii Gloria Foster zmarła, nim zdążyła nakręcić jakąkolwiek swoją scenę do "Rewolucji". Rolę po niej przejęła Mary Alice, a zmiana aktorki została odpowiednio rozwiązana w scenariuszu filmu.
Początkowo Zee miała zagrać Aaliya. Z powodu jej śmierci rozważano obsadzenie Evy Mendes, Samanthy Mumby, Brandy Norwood i Tatyany Ali, jednak ostatecznie rolę otrzymała Nona Gaye.
Neo oznajmia Wyroczni, że maszyny dotrą do Zionu około północy. Gdy jednak na krótko przed atakiem na Zion Neo i Trinity wzbijają się ponad chmury, widzą słońce, a tak naprawdę powinni zobaczyć Księżyc.
W czasie trwania końcowej walki, Neo wybija Smithowi kilka zębów. W kolejnej jednak scenie, gdy Neo leży w kałuży wody, stojący nad nim Smith ma już wszystkie zęby.
Podczas ostatniego dialogu między Neo a Trinity, wtyczki w ciele Trinity ciągle zmieniają swoje położenie lub całkowicie znikają.
W scenie, gdy Neo rozmawia z Wyrocznią, ta zakłada korale na ręce, a gdy siada, korale są na stole i wkłada je drugi raz.
Zmieniają się marki papierosów Wyroczni pomiędzy ujęciami.
Powstała na skutek walki Neo ze Smithem dziura w ulicy, znika w kolejnych ujęciach.
Neo pyta się Wyroczni, jak zatrzymał cztery Mątwy za pomocą myśli. Tymczasem pod koniec "Reaktywacji" zniszczył pięć Mątew.
Gdy Bane rozmawia z Neo, trzymając nóż przy gardle Trinity, krew na szyi kobiety pojawia się i znika pomiędzy ujęciami.
Kiedy Młot dociera do Syjonu, jego poduszkowce raz są zniszczone, a raz całe. Ponadto, tylne części statku zostały doszczętnie roztrzaskane, a mimo to, gdy przekracza bramę miasta, jego zepsute wcześniej elementy są w pełni sprawne.
Kiedy Serafin i Sati starają się dostać do windy, by uciec z budynku, w korytarzu nagle gaśnie światło. Gdy chwilę później Serafin wywarza jedno z drzwi, z perspektywy otwartego pomieszczenia hol jest oświetlony, choć powinno być w nim ciemno.
W scenie rozmowy Neo z Wyrocznią, magnetyczne literki przyczepione do lodówki za bohaterem pojawiają się i znikają.
Gdy Neo żegna się z Morfeuszem, wtyczki z tyłu szyi głównego bohatera pojawiają się i znikają.
Po rozpoczęciu finalnej walki, Neo i Smith zaczynają biec do siebie. W ujęciu w zwolnionym tempie z perspektywy nóg Neo brakuje nacierającego w tle Smitha, a z kolei gdy kamera pokazuje nogi Smitha, w dali nie ma Neo.
W scenie rozmowy Trinity i Morfeusza z Merowingiem, w drinku Martini tego ostatniego znajdują się dwie oliwki. Gdy Merowing je zjada, w kadrze pojawia się trzecia oliwka.
Kiedy podczas początkowego pościgu na stacji metra, Kolejarz strzela do Serafina, ten robi unik, przyklejając się do ściany. W następnym ujęciu Kolejarz dalej prowadzi ogień, a Serafin ponownie wykonuje ten sam ruch, by uniknąć pocisków.
Neo bierze walizkę od indyjskiej rodziny, gdy ci mają wsiąść do pociągu. Kolejarz nie zabiera Neo i ten zostaje razem z walizką na peronie. Przedmiot ten leży wciąż tam w późniejszej scenie, w której bohater przebiega przez tunel, lecz znika, gdy Trinity przybywa, by wydostać Neo.
Gdy na skutek uderzenia Kolejarza Neo wpada na ścianę, wyraźnie widać, że Keanu Reeves jest zastępowany kaskaderem.
W jednym ujęciu brakuje torów, po których porusza się pociąg. Widać to na pierwszym ujęciu, gdy Kolejarz ma uciec ścigającym go Morfeuszowi, Trinity i Serafinowi.
W czasie finałowej walki Smith podnosi leżącego w kraterze Neo i uderza go. Tuż po wspomnianym fragmencie nad prawym ramieniem bohatera widoczny jest drut.
Pod koniec strzelaniny w klubie Trinity kopie jednego z przeciwników, a ten wbija się w ścianę. Gdy kobieta odchodzi, a mężczyzna ma zaraz spaść na ziemię, widać drut, przymocowany do jego szyi.
W finałowej scenie krawat agenta Smitha zmienia wiązanie pomiędzy początkiem, a końcem walki.
Film był kręcony w miastach Oakland i Alameda (Kalifornia, USA) oraz w Sydney (Australia).
By w wiarygodny sposób oddać poczucie nieważkości w ujęciach rozgrywanych w powietrzu, zespoły kaskaderów i artystyczny współpracowali ściśle z grafikami komputerowymi i zespołem produkcyjnym. Efektem ich wspólnym wysiłków była specjalna uprząż, która pozwalała aktorom walczyć i jednocześnie symulować nieważkość. (Zdjęcia testowe, które nakręcono na pokładzie specjalnego samolotu NASA, używanego do szkolenia kosmonautów do pracy w warunkach nieważkości udowodniły, że metoda ta nie sprawdzi się w przypadku realizacji filmu). Część walki rozgrywaną w powietrzu nakręcono w "Jajku"; gigantycznej zamkniętej scenie, przystosowanej do realizacji zdjęć wykorzystujących technikę "blue screen". Nakręcono tam zdjęcia, które poddano potem obróbce komputerowej, podczas której dodano zalewane strugami deszczu tło.
Specjaliści od efektów specjalnych spędzili 2 miesiące opracowując urządzenie wyrabiające doskonałe krople deszczu.
Pojawiający się pod koniec filmu czarny kot, jest tym samym zwierzakiem, którego możemy zobaczyć w scenie "deja-vu" z pierwszej części "Matrixa".
Sati w języku Nepali (najbardziej rozpowszechniony język w Nepalu) oznacza "przyjaciel".
Premiera filmu odbyła sie w największych miastach świata o tej samej porze.
Film był kręcony przeciwnie do chronologii scen w scenariuszu - od ostatniej sceny do początkowej.
Twarz "Deus ex Machina" została stworzona na podstawie starych zdjęć zrobionych przez Andy Wachowski'ego.
W filmie są 804 sceny z użyciem efektów specjalnych.
Pistolety Serafina to Browning BDM.
Tylko jeden robot typu APU został zbudowany na potrzeby filmu. Ważył około 2 ton.